Horticulture Research：文晓鹏、乔光等 比较群体基因组学揭示了杏-桃-李-梅的趋同选择和趋异选择
2024-07-16 浏览次数： 10
Horticulture Research：文晓鹏、乔光等 比较群体基因组学揭示了杏-桃-李-梅的趋同选择和趋异选择
2024-07-16
李属作物包括水果和坚果，具有重要的经济价值，它们因共享和特有的农艺特性而被驯化，但趋同和趋异选择的基因组信号尚未阐明。
图1杏、桃、李、梅基因组比较分析
本研究通过对杏、桃、李、梅（APPM）复合体进行比较群体基因组分析，检测趋同和趋异选择的基因组特征，利用单倍型解析的端粒到端粒（T2T）基因组装配和群体重测序数据，通过HiFi和Hi-C数据对李子品种进行单倍型解析，组装成两个单倍型T2T参考基因组，大小分别为251.25 Mb和251.29 Mb。比较基因组学揭示杏基因组与桃、李、梅之间存在约1.17 Mb的染色体易位，该易位涉及一个与酸度（TA）、pH值和糖含量显著相关的D位点。群体遗传分析检测到李子与杏之间存在显著的基因流动，渗入区域在胚后发育和花粉萌发过程中富集。比较群体遗传分析揭示了对压力、花发育和果实成熟的趋同选择；以及能够塑造作物特异基因的趋异选择，如李子中的体细胞胚胎发生、梅中的花粉萌发和桃中的激素调节。同时，在染色体7上的选择性sweeps区域与比较基因组中染色体共线性一致，该区域包括影响果实软化关键基因如PG，这些基因由ERF和RMA1H1基因调控。
图2杏、桃、李、梅基因组中趋同和趋异选择信号
综上，本研究为APPM复合体的遗传多样性、进化历史和驯化提供了见解，对李属作物的基因研究和育种计划具有重要意义。
原文：
Yang, X., Su, Y., Huang, S., et al. Comparative population genomics reveals convergent and divergent selection in the Apricot-Peach-Plum-Mei Complex. Horticulture Research, 2024, 11: uhae109